Il Programma Ambientale, in funzione dei risultati emersi nell'Analisi Ambientale (criticità ed esigenze rilevate) individua:

• le priorità e gli obiettivi di miglioramento
• le azioni di riqualificazione e di gestione rivolte all'intero ambito produttivo (nuovo ed esistente), specificando per ciascuna:
  - fattibilità tecnico-economica (è quindi necessario precisare in linea di massima le scelte tecniche da adottare),
  - priorità di intervento,
  - responsabilità,
  - mezzi e investimenti necessari,
  - target ambientali da raggiungere migliorativi rispetto a quelli obbligatori per legge,
  - quantificazione dei benefici conseguibili,
  - scadenze individuate per l'attuazione delle misure,
  - modalità di verifica e monitoraggio.
  

Il Programma Ambientale ha una durata di 3-5 anni e deve essere periodicamente monitorato. Il monitoraggio avviene attraverso specifici report con cui il Soggetto Gestore attesta l'efficacia del proprio Programma, sia per quanto concerne la risoluzione delle criticità esistenti, sia per quanto riguarda un effettivo miglioramento rispetto al raggiungimento degli obiettivi prestazionali di un'Apea.