Prima sede dell'Orto botanico fu nel centro della città, in un cortile che ora corrisponde a Sala Borsa. Fondato nel 1568 per iniziativa di Ulisse Aldrovandi, dal 1803 è collocato nella sede attuale. Su una superficie di circa due ettari si coltivano piante locali ed esotiche: due serre ospitano le piante tropicali e una terza un'importante collezione di piante grasse; il "giardino dei semplici" accoglie le piante officinali; un'altra area presenta le specie ornamentali e un bosco parco, accanto ad alcune ricostruzioni di ambienti naturali (foresta planiziaria, ambiente lacustre, foresta mediterranea).

L'Erbario dell'Università di Bologna, uno dei più antichi d'Europa, conserva circa centotrentamila piante essiccate. Di dimensioni medio-piccole, è comunque ricco di preziose collezioni storiche, che testimoniano la continua cura e l'interesse che i botanici bolognesi, a cominciare da Ulisse Aldrovandi (1522-1605), hanno mostrato verso questa istituzione, importante strumento di conoscenza e di studio.

L’Orto Botanico ed Erbario fa parte del Sistema Museale di Ateneo dell'Alma Mater Studiorum - Università di Bologna.

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