Nel 1711 il Senato bolognese acquistò Palazzo Poggi per insediarvi l’Istituto delle Scienze e delle Arti, voluto da Luigi Ferdinando Marsili. Dopo quasi tre secoli le grandi sale, affrescate dai celebri pittori Pellegrino Tibaldi, Nicolò dell'Abate e Prospero Fontana, ospitano nuovamente gli antichi corredi delle camere di geografia e nautica, architettura militare, fisica, storia naturale, chimica, anatomia umana ed ostetricia, accanto al cinquecentesco museo Aldrovandiano.
Il Museo fa parte del Sistema Museale di Ateneo dell'Alma Mater Studiorum - Università di Bologna.