Le origini del territorio bolognese orientale tra Savena e Idice sono illustrate sotto il profilo geologico, paleoecologico e del primo popolamento antropico.
Le ricostruzioni dell'Homo Erectus nella sala degli Antenati e delle grandi faune dell'ultima Glaciazione rinvenute nel Parco dei Gessi (il Bisonte delle steppe, il Megacero e la Iena delle caverne) offrono uno straordinario spaccato della vita e degli ambienti succedutisi nella preistoria.
Completano l'originale viaggio nel passato i materiali dell'età del Bronzo dalla grotta del Farneto e i corredi dell'Età del Ferro rinvenuti nella necropoli villanoviana di Caselle, individuata a metà '800 da Giovanni Gozzadini.
La visita al Museo può essere utilmente integrata da una visita alla Grotta del Farneto, all'interno del Parco dei Gessi