La visita si articola in vari percorsi storici che consentono di ripercorrere la millenaria storia del popolo ebraico. Tre le sezioni del Museo: una dedicata all’identità ebraica; un’altra alla presenza ebraica in Emilia-Romagna, che illustra le diverse realtà territoriali, le loro emergenze storiche, architettoniche e documentarie. La terza sulla presenza ebraica a Bologna, si integra con il percorso esterno ai luoghi ebraici della città: antico ghetto, Palazzo Bocchi in via Goito con l’iscrizione ebraica (XVI sec.), le lapidi del XVI secolo presso il Museo Medievale in via Manzoni, la casa medievale di Ovadyah Sforno in Piazza Santo Stefano. Il Museo ha una biblioteca, una libreria specializzata e un bookshop.