La città romana di Claterna (II secolo a.C.-V secolo d.C.) sviluppatasi alla confluenza tra il rio Quaderna e via Emilia fra le colonie di Bononia (Bologna) e Forum Cornelii (Imola), già municipio nel I secolo a.C. e progressivamente abbandonata con il disgregarsi dell'impero, è un caso esemplare per l’ottimo stato di conservazione. Il museo ne illustra storia, caratteri e forma urbana attraverso i reperti rinvenuti nel corso degli scavi effettuati nel sito antico fra la fine del diciannovesimo e gli anni ‘60 del ventesimo secolo e tuttora in corso, insieme a ricostruzioni, plastici e pannelli. Nell'area archeologica è visitabile lo scavo musealizzato della domus dei mosaici