Gli ampi spazi dell'ex Deposito ATC ospitano i resti del DC9 Itavia - precipitato in mare nel 1980 durante il volo Bologna-Palermo causando la morte di ottantuno passeggeri - nella suggestiva ed evocativa cornice dell'installazione di Christian Boltanski. Il Museo, inaugurato nel 2007, è stato realizzato grazie al Protocollo d'Intesa stipulato - su sollecitazione dell'Associazione Parenti delle Vittime della strage - tra Ministero per i Beni e le Attività culturali, Ministero della Giustizia, Regione Emilia-Romagna, Provincia di Bologna, Comune di Bologna.
Il museo fa parte dell’Area Arte Moderna e Contemporanea dell'Istituzione Bologna Musei.