Ospitato nel cinquecentesco Palazzo della Comunità, documenta storia cultura e tradizioni del territorio e della comunità medicinese. Nella sezione archeologica, importanti testimonianze delle età del Bronzo e del Ferro, romana e soprattutto medievale (ricostruzioni di un castello e un insediamento) nel territorio rurale. Significative le testimonianze di arte devozionale e sacra e dell'edilizia religiosa e civile nei secoli XVII e XVIII.

La tradizione medica all'origine del nome della città è attestata dai preziosi erbari seicenteschi dei Padri Carmelitani e dalla ricostruzione dell’antica Farmacia dell’Ospedale; quella artigianale dalla collezione di burattini, dalla macchina dell’orologio (1824) della Torre civica, dal telaio dei Tinti e dagli utensili in miniatura di Marabini. Pregevole la ricostruzione  del laboratorio di liuteria del Maestro Poggi con due preziosi violini. Nella Pinacoteca Aldo Borgonzoni, l’importante donazione dell'artista con opere sue e di Schifano, Grazzini, Rambelli, Bioli.