Ha sede nell’antico Ospedale della Morte (XIV secolo). Tra i più importanti musei archeologici italiani, è nato nel 1881 dalla fusione delle collezioni universitaria (Aldrovandi, Cospi, Marsili, Lambertini...) e di Pelagio Palagi, a cui si aggiunge il cospicuo patrimonio archeologico relativo agli scavi eseguiti a Bologna e nel territorio da metà ‘800. Conserva importanti testimonianze di tutte le fasi di vita del territorio, dalla preistoria all'età romana. La sezione etrusca è il punto di partenza per conoscere la civiltà dell'Etruria padana, che ebbe come capitale Bologna, l'etrusca Felsina. Le antiche collezioni conservano capolavori dell'arte greca e romana; la raccolta di antichità egiziane è una delle più importanti d'Europa.