Situato in un silos granario ristrutturato, il Museo presenta una rilevante collezione privata di arte contemporanea che ha costituito la base del museo, successivamente arricchita da donazioni di numerosi artisti. Cuore della collezione permanente è la sezione Avanguardie storiche, affiancata dalle collezioni Cesare Zavattini (oltre 400 opere di piccolo formato), Shozo Shimamoto, Sculture italoafricane (realizzate da artisti italiani in collaborazione con artigiani kenioti negli anni '80), Futurismo (comprendente bozzetti inediti dei protagonisti), quelle dedicate ai Movimenti MADI-MAterialismo DIalettico e Poesia Visiva e al fondatore del Museo Giulio Bargellini.

Il museo MAGI’900 si compone di tre edifici espositivi, un silo del grano recuperato nel 2000, un secondo ampliamento del 2005, un terzo ampliamento del 2015. La nuova ala del museo è formata da un grande edificio di tre piani fuori terra e da una grande terrazza panoramica.

Il volume, dalla forma semplice e compatta, ospita al piano terra la collezione di opere dedicate all'Africa e al Sud America; spiccano le grandi sculture italo-africane realizzate in Kenya, le opere della Biennale d'Arte di Malindi, i dipinti di Esther Mahlangu, figura di spicco delle arti visive africane i cui lavori sono esposti nei principali musei del mondo; sono inoltre esposti i dipinti, le sculture e le ceramiche di Cesare Siviglia, artista la cui produzione è ispirata all'arte precolombiana. Al primo piano della nuova ala è esposta invece l'Arte aniconica contemporanea, mentre l'ultimo livello è interamente dedicato all'Arte figurativa contemporanea e ai Nuovi realismi.

L'ala dei grandi maestri e delle collezioni è ospitata in un secondo edificio di sei livelli, costruito nel 2005 in ampliamento della sede storica del vecchio silo. Anche questa ala del MAGI’900 è organizzata per sale tematiche ed è dedicata ai grandi Maestri italiani del Novecento – tra cui Boldini, Burri, Depero, De Chirico, Carrà, Fontana, Modigliani e a numerose raccolte.
Tra queste spiccano la collezione di opere minime 8X10 del regista Cesare Zavattini, le sezioni dedicate ai movimenti artistici L'astratto presente, Poesia Visiva, Metacosa e Madì, le collezioni su Nado Canuti, Carlo Levi, Josè Ortega, Concetto Pozzati, Mauro Reggiani, Riccardo Ricas, Sergio Vacchi e Tono Zancanaro, la collezione Susmel sull'arte del Ventennio, la sezione sulla performance realizzata al MAGI’900 dall'artista giapponese Shozo Shimamoto, quella dedicate all'Uomo della Pace e le nuove sezioni sulla Belle Époque e Giorgio de Chirico.
Nel giardino delle sculture, opere monumentali di Nado Canuti, Simon Benetton, Umberto Mastroianni, Mirko, Graziano Pompili e altri autori italiani contemporanei.