La Collezione, fondata nel 1814, è una delle più note a livello internazionale, per entità e rarità dei materiali esposti, costituiti da preparati anatomici a secco o in alcool e da modelli che illustrano l'evoluzione di alcuni apparati dei vertebrati. La Collezione di Anatomia Comparata complessivamente è costituita da oltre 9.000 pezzi, attualmente sono esposti circa 2.500 preparati.

Una speciale sezione tattile è corredata da testi e didascalie in carattere Braille.

La Collezione fa parte del Sistema Museale di Ateneo dell'Alma Mater Studiorum - Università di Bologna.

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