Conserva le carte storiche del Comune di Medicina (1631-1965)

Fondi aggregati: Cooperativa commerciale calzolai (1946-1959); Direzione didattica (1930-1969); Istituto Autonomo Case Popolari (1960-1986); Partecipanza agraria (1800-1894); Patronato scolastico (1946-1974); Protesti Cambiari (1898-1986); Società di Tiro a Segno Nazionale (1862-1943); Ufficio di Conciliazione (1866-1956); Archivio delle Congregazioni di Carità (sec. XVI-1978)

Altri fondi di interesse locale: Presso l'Archivio di Stato di Bologna si conservano: Vicariato di Medicina (1451-1733); Governo di Medicina (1816-1891, con docc. dal 1796). Conventi e monasteri: Beata Vergine del Carmelo, carmelitani (1477-1795); Beata Vergine Addolorata, servite (1528-1797); S. Teresa, terziare carmelitane (1621-1797); SS. Francesco ed Anna, minori riformati (1702-1798). Compagnie religiose: S. Maria Assunta detta del Gonfalone (1606-1796); S. Maria del Suffragio (1650-1736); S. Maria della Salute (1792); SS. Sacramento e Rosario (1795)

L'archivio, parzialmente ordinato, è temporaneamente ricoverato in alcuni locali di proprietà comunale esterni alla sede municipale. Necessita di interventi conservativi e di operazioni di riordino. Al momento attuale l'archivio non è consultabile.

"Matilde di Canossa fu proprietaria, forse a titolo personale (non dunque per investitura sovrana), della massa di Medicina e di Argelata (da identificarsi con una parte di Villafontana). Alla sua morte (1115), le due località avrebbero dovuto andare alla Santa Sede, secondo quanto la contessa aveva disposto nel testamento. Andarono invece, per motivi non chiari, all'Impero che le considerò fra i capisaldi della lotta contro il Papato. Così, Medicina e Argelata finirono per trovarsi al centro di aspre contese, i cui protagonisti furono gli imperatori tedeschi e i papi. Fra le due potenze si inserì il Comune di Bologna il quale, alla lunga, riuscì ad incamerare le due località. Per la sua posizione geografica, infatti, Medicina poteva difendere il territorio bolognese sbarrando l'accesso alla città lungo la via ravennate. Nel 1303, la vicenda ebbe una svolta decisiva, poiché in quell'anno i Medicinesi si assoggettarono a Bologna giurando fedeltà al Comune cittadino. I Bolognesi ebbero dunque una valida giustificazione per contendere al Papato e all'Impero la giurisdizione su Medicina e Argelata. Solo nel 1392, le mire del Comune cittadino si realizzarono: una bolla di Bonifacio IX sanzionò la piena sovranità bolognese sulle terre contese. Nel 1395, quando il governo bolognese procedette a ristrutturare i suoi organi periferici e costituì i Vicariati, anche Medicina fu posta a capo di una circoscrizione vicariale che comprendeva Villafontana, Ganzanigo, Galisano". (Cfr. Dal Santerno al Panaro. Bologna e i Comuni della Provincia nella Storia, nell'Arte e nella Tradizione, a c. di Cesare Bianchi, Bologna, Proposta Editrice, 1987, vol. III, p. 118).
Questo assetto venne modificato dalla ristrutturazione amministrativa attuata dalle leggi napoleoniche: nel 1805, Medicina "cogli antichi suoi quartieri" fu inserita nel cantone di Castel San Pietro, all'interno del Distretto di Imola, nel Dipartimento del Reno.
Le ulteriori operazioni di riordino amministrativo del Regno d'Italia attuate nel 1810 inserirono il Comune di Medicina nel Cantone di Budrio: la giurisdizione del Comune si estese non solo agli antichi suoi quartieri, ma anche alle località di Gallisano e Villa Fontana con gli antichi suoi quartieri.
Con la restaurazione del dominio pontificio, il Comune di Medicina, comprendente le stesse località individuate già in epoca napoleonica, è sede del Governatorato cui fa capo la Podesteria di Castel "Ghelfo".
Attuali centri: Fiorentina, Fossatone, Ganzanigo, Buda, Portonovo, Sant'Antonio, Villa Fontana