Sull'esempio della Lega Nazionale per la protezione dei Fanciulli deficienti, fondata nel 1899 al fine di organizzare istituti per l'assistenza a minori con deficit psicofisici e sensoriali, si costituì a Bologna, per volontà del Deputato Cesare Sanguinetti, l'Associazione emiliana per la protezione dei fanciulli deficienti. Rispetto alla Lega Nazionale, l'ente bolognese si professò autonomo e definì la propria adesione come puramente morale. Ai motivi assistenziali, si affiancavano quelli finanziari: era necessario alleggerire le spese della Provincia, cui spettava la gestione dei manicomi. L'Associazione venne ufficialmente costituita il 27 aprile 1899, data in cui ne fu discusso e approvato lo statuto. L'Associazione coordinava l'attività delle altre Province dell'Emilia, sedi dei Sottocomitati provinciali. Oltre a garantire le entrate e ad amministrarle, vigilava sulla gestione dell'Istituto per frenastenici, con sede fino al 1903 a S. Giovanni in Persiceto, e poi a Bertalia; qui i fanciulli, provenienti dalle famiglie o dai vari manicomi, erano curati e educati; nello stesso periodo, a Crevalcore, fu creato un Laboratorio di Pedagogia scientifica, con l'impianto di varie officine. È ignota la data di scioglimento dell'Associazione, che si presume avvenuto nel 1905 o poco dopo.

Alla gestione degli Istituti di S. Giovanni in Persiceto e di Bertalia è relativa la maggior parte della documentazione, con un ampio carteggio ma anche con una serie di resoconti finanziari, sanitari e 'morali': è possibile rinvenire una discreta mole di dati relativi alle condizioni fisiche e psichiche dei fanciulli e al loro rendimento scolastico. L'archivio comprende anche atti che si riferiscono alla fase precedente la fondazione dell'Associazione: carteggi, materiale informativo sulla Lega Nazionale, lettere di convocazione al convegno per la costituzione dell'Associazione.Altre carte riguardano i rapporti dell'Associazione bolognese con analoghi enti delle altre Province dell'Emilia. Infine, un versante non trascurabile dell'attività dell'Associazione, svolta dai membri delle varie sottocommissioni, era la propaganda: oltre che sull'assegnazione di un contributo dal fondo provinciale, si faceva affidamento anche sull'iniziativa di altri enti e sulla beneficenza privata.