Dopo la soppressione della Prefettura generale delle carceri, una bolla di Clemente VIII del 1592 sancì che la custodia dei luoghi di reclusione fosse affidata, in ogni città, alla Compagnia che era solita esercitare, in quel luogo, l'offitio della charita, o pietà verso li carcerati.

A Bologna tale compito era da tempo svolto dall'Arciconfraternita della Morte, fondata nel 1336.

L'Arcivescovo di Corinto e Coadiutore di Bologna, Alfonso Paleotti, assegnò dunque all'Arciconfraternita la Prefettura e la custodia delle carceri.

In seno all'Arciconfraternita fu istituita una particolare congregatione de huomini, detta Compagnia della carità dei carcerati di Bologna, con l'incarico di occuparsi dei detenuti nelle carceri del Torrone, comunali e diocesane, provvedendo al loro conforto materiale e spirituale, e - nei casi di incarceramento per debiti - alla remissione di tali debiti. Gli incaricati dovevano visitare i carcerati settimanalmente, per verificarne il trattamento, raccogliere informazioni da riferire al Procuratore al fine di negoziare sulle cause civili e sollecitare un rapido esame dei casi, offrire sostegno morale ai detenuti e promuovere visite mediche in caso di infermità dei carcerati.

L'Opera pia esercitava i suoi compiti sotto la sovrintendenza dell'Arcivescovo di Bologna, dotato di funzioni dirigenziali.
Le entrate erano garantite anche da lasciti e donazioni di privati cittadini.

Nel 1808, l'Opera pia dei carcerati rientrò tra le istituzioni assistenziali amministrate dalla Congregazione di carità. Non abbiamo notizie in merito al suo successivo scioglimento.Il fondo è costituito da una sola busta di «Miscellanea», con carte ritrovate nella serie «Allegati agli Atti della Commissione Amministrativa» dell'archivio dell'Ospedale degli esposti. Sono presenti alcuni verbali dei Governatori dell'Opera pia e documentazione relativa allo stato patrimoniale, tra cui notizie dei locatari delle carceri del Torrone.

Si trovano poi altri atti, tra cui quelli riguardanti una causa promossa contro i Reverendi Padri di San Domenico di Bologna.