Col decreto Farini del 10 marzo 1860 fu istituito il Corpo amministrativo centrale degli ospedali di Bologna, a cui fu demandata anche l'amministrazione dell'Ospizio degli esposti e dell'annesso Asilo di maternità.
La gestione si protrasse fino al 1939, quando l'Ospizio passò sotto la Provincia.

Oltre ai regolamenti interni all'Ospedale, fa parte dell'archivio documentazione relativa al mantenimento degli esposti e delle donne gravide nella Maternità e al Brefotrofio e Maternità in rapporto all'assistenza. I materiali offrono un'immagine concreta del funzionamento dell'Ospedale: dichiarazioni di maternità e di riconoscimento, atti concernenti ammissioni e dimissioni, matrimoni, doti e lasciti di vario genere, e notizie riguardanti la scuola presso il Conservatorio delle esposte.

Sono documentati i fenomeni dell'esposizione e della maternità, con statistiche sugli infanti abbandonati, il baliatico e la maternità, studi e provvedimenti riguardanti l'assistenza agli esposti. Si conserva anche documentazione relativa ad aspetti collaterali al servizio rivolto agli abbandonati (il mantenimento in altri istituti o in colonie marine e la restituzione di doti dopo la morte di esposte maritate). Sono spesso oggetto delle carte anche casi insoliti di assistiti: bambini nati da donne maritate lasciati come illegittimi nell'Ospedale, introduzione di esposti in apparente età maggiore di quella risultante dal certificato di nascita, riammissione di esposti ritirati, bambini riconosciuti dai genitori o da uno di essi e poi abbandonati all'Ospizio, bambini consegnati all'Ospedale senza che ne fosse stata constatata l'origine legittima o illegittima e donne gravide legittime accolte nella Maternità. In questo panorama, numerosi sono i casi di balie che denunciavano l'Ospedale perché avevano contratto la sifilide da bambini esposti: è un fenomeno che subì nel sec. XIX un preoccupante incremento, arrecando all'istituto considerevoli perdite finanziarie. Si conservano così diversi fascicoli intestati alle balie, che contengono denunce, relazioni e memorie, certificati medici, onorari degli avvocati, riepiloghi delle spese sostenute dall'Ospedale, copie delle sentenze.