Nel 1807 il governo napoleonico costituì nelle città capoluogo di dipartimento, e in seguito nei comuni minori, le Congregazioni di Carità, con cui assistenza e beneficenza erano poste sotto il diretto controllo pubblico: a Bologna ciò avvenne con il decreto del 17 luglio 1807.

Ogni Congregazione fece capo inizialmente al Ministro del Culto, in seguito al Ministro dell'Interno.
Nel proprio ambito, ciascuna Congregazione si suddivideva in tre sezioni: la prima per gli ospedali, la seconda per gli ospizi e gli orfanotrofi, la terza per gli enti elemosinieri; ognuna di queste era incaricata della gestione del proprio ramo e responsabile degli stabilimenti ad essa affidati, dei quali doveva rendere conto alla Congregazione.

Le tre sezioni avevano una cassa comune dove entravano le esazioni e da cui erano effettuati i pagamenti per conto degli enti o stabilimenti amministrati. Per ognuno di questi si teneva una gestione separata, sia per patrimonio sia per rendite, e venivano tenute distinte le relative registrazioni. A Bologna la Congregazione di Carità, entrata nel pieno esercizio dei propri poteri il 1° marzo 1808, funzionò fino al 1814, cessando la propria attività con il Decreto di Gioacchino Napoleone del 27 aprile di quello stesso anno.

Il fondo, conservato dal 1862 presso l'archivio della Provincia, comprende il carteggio della Congregazione, i relativi protocolli e indici, e alcuni registri diversi. La documentazione non è completa: nel 1814 venne selezionato il materiale relativo alla Congregazione, mentre quello inerente a ogni stabilimento fu estratto e consegnato agli enti interessati. Un caso particolare è costituito dalla documentazione relativa alla Casa di Industria, o Casa provinciale di Lavoro, il cui archivio fu interamente conservato.

Al fondo della Congregazione propriamente detto, si affianca un numero rilevante di registri relativi alla gestione patrimoniale di beni mobili dei singoli enti da essa amministrati; anche qui, però, si rilevano lacune significative: dei 1428 pezzi, che sicuramente esistevano, ne sono presenti oggi solo 376.